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Auch, Alexander F. ; Henz, Stefan R. ; Göker, Markus:

Phylogenies from whole genomes: Methodological update within a distance-based framework

Datei(en):

PDF 128kB

Zitierfähiger Link:	Bitte nutzen Sie diese URL, um auf das Dokument zu verlinken oder es zu zitieren: http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bsz:21-opus-34178
URL:	http://tobias-lib.uni-tuebingen.de/volltexte/2008/3417/
Fachgebiet/Einrichtung 1:	17 Wilhelm-Schickard-Institut für Informatik
Fachgebiet/Einrichtung 2:	Sonstige/Externe
Fachgebiet/Einrichtung 3:	15 Botanisches Institut
Dokumentart:	ResearchPaper
Sprache:	Englisch
Erstellungsjahr:	2006
Publikationsdatum:	26.06.2008
Kurze Inhaltszusammenfassung auf Englisch	Methods which derive pairwise distances directly from complete sequenced genomes are a potentially important and efficient tool within the growing field of phylogenomics.We have shown in two previous studies that the Genome BLAST Distance Phylogeny (GBDP) approach leads to reliable phylogenetic estimates if applied to prokaryotic as well as plastid and mitochondrial genomes. Basically, GBDP first invokes tools such as BLAST to identify high-scoring segment pairs (HSPs) between all pairs of genomes; afterwards, pairwise distances are estimated based on different formulae. Here, we examine (1) a new GBDP distance formula, based on a combination of two previously existing ones; (2) use of BLAT instead of BLASTN and TBLASTX HSP search; (3) an alternative measure for the agreement of a distance matrix with a predefined reference topology; (4) alternative topology-independent measures of distance quality per se. All examinations were based on a enlarged dataset compared to that used in our previous study, additionally containing interesting key taxa.
Kontrollierte Schlagwörter (Deutsch):	Phylogenie
Freie Schlagwörter (Englisch):	Phylogeny , Whole genome Phylogeny , Phylogenetic Methods
DDC-Sachgruppe:	Biowissenschaften, Biologie
Gedruckte Kopie bestellen:	Print-on-Demand
Lizenz:	Veröffentlichungsvertrag mit Print-on-Demand

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